No caso da prestação de serviços não há grande forma de contornar a situação porque as ajudas de custo são imputadas ao valor/hora pago. Noutros casos, em que existe um contrato de trabalho, essas ajudas de custo não entram para o conjunto de valores para cobrança de IRS por parte do Estado, tal como acontece com o subsídio de alimentação.
De qualquer forma, nós formadores cobramos IVA às empresas, não sai do nosso bolso, por isso não me parece preocupante. O problema é que há quem tenha de fazer retenção na fonte e portanto será retirado ao valor dos honorários (incluindo ajudas de custo) 21,5%.
É tudo uma questão de negociar com a entidade a quem vamos prestar serviços para que ninguém saia prejudicado.